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Regensburg ist eine der ältesten Städte in Deutschland. Die schriftlich gesicherte Geschichte Regensburgs beginnt mit der Einrichtung eines römischen Kohortenkastells um etwa 79 n. Chr im heutigen Stadtteil Kumpfmühl, nachdem sich zuvor jahrhundertelang in der Gegend einige Keltensiedlungen befanden, die die Gegend der heutigen Stadt "Ratasbona" oder "Ratisbona" nannten.
Im Laufe der Jahrhunderte ist Regensburg mit einer Vielzahl von Namen bedacht worden, was auf die reichhaltige Geschichte hinweist. Neben den bereits im Text genannten, gebräuchlicheren Namen, wurde die Stadt auch mit so illustren Bezeichnungen wie Quadrata, Germanisheim, Hyatospolis, Ymbripolis, Reginopolis und Tyberina versehen.
Im Jahre 179 n. Chr. wurde das heutige Regensburg mit der Einrichtung des Legionslagers "Castra Regina" durch die Römer auf Anordnung von Kaiser Marc Aurel zum militärischen Hauptstützpunkt der Provinz Raetia. Die Völkerwanderungen führten um 400 n. Chr. zur Aufgabe des intakten Kastells. Von etwa 500 n. Chr. bis 788 n. Chr., als Tassilo III. von Kaiser Karl dem Großen abgesetzt wurde, war Regensburg der Hauptsitz der bajuwarischen Herzöge, der Agilolfinger.
Regensburg ist eines der ältesten Bistümer Deutschlands, das bereits einige Jahrzehnte bestand, bevor es 739 n. Chr. von Bonifatius dem Canonischen Recht und somit dem Bischof von Rom unterstellt wurde. Obwohl Regensburg als Reichsstadt 1542 protestantisch wurde, blieb die Stadt immer katholische Bischofsstadt, wenn auch zeitweise von anderen Bistümern mitverwaltet (s. Religionen).
Im 9. Jahrhundert war Regensburg eine der wichtigsten Städte des Ostfränkischen Karolingerreiches. Hemma († 876), die Gemahlin des Kaisers Ludwig des Deutschen, sowie die zwei letzten Ostfränkischen Karolingerherrscher, Kaiser Arnulf von Kärnten († 899) und sein Sohn König Ludwig das Kind († 911) wurden hier in der Benediktinerabtei St. Emmeram beigesetzt.
Kaiser Friedrich I. Barbarossa brach hier im Mai 1189 mit einer großen Streitmacht zum 3. Kreuzzug auf.
Im Zeitraum von 1207 bis 1256 wurde die Unabhängigkeit der Stadt durch König Philipp und Kaiser Friedrich II. als Freie Reichsstadt gewährt, verbunden mit einem Erstarken der Bürgerschaft durch den lukrativen Fernhandel und dem Auszug der Herzöge und Könige nach Landshut 1255 und später München.
Das 13. und 14. Jahrhundert waren geprägt durch Versuche der Regensburger, das Territorium um die Stadt unter ihre Kontrolle zu bringen, und einen eigenen Staat aufzubauen. Damit geriet die Stadt in Konflikt mit dem Herzogtum Bayern unter den Wittelsbachern. Diese versuchten mit Maßnahmen wie der Blockade der Stadt, die Regensburger unter ihre Kontrolle zu bekommen. 1486 gab die Stadt schließlich auf und unterwarf sich dem oberbayerischen Herzog, musste aber 1496 bereits wieder an den Kaiser zurückgegeben werden. In dieser Zeit verarmte die Stadt zusehends und Kaiser Maximilian I. stellte immer wieder Truppen zur Verfügung, um Aufstände in der Stadt niederschlagen zu lassen. Dabei wurde 1514 in einem dieser Aufstände der Dombaumeister Wolfgang Roritzer wegen „Aufruhrs“ enthauptet.

1519 wurde mit der Vertreibung der Juden (geschätzt etwa 500 an der Zahl) aus der Stadt und dem Abbruch des Judenviertels auf dem Gelände des heutigen Neupfarrplatzes eine der ältesten jüdischen Gemeinden Deutschlands zerstört. Die Vertreibung war möglich, da Maximilian I. am Neujahrstag 1519 verstorben war, ohne seine Nachfolge geregelt zu haben. In der Zeit, die Karl V. benötigte, um sich zum deutschen König und dann zum Kaiser krönen zu lassen, konnten die Regensburger die Judenvertreibung beschließen. Auf dem Platz des ehemaligen Judenviertels entstand dann eine lukrative Marien-Wallfahrt, die zu Auseinandersetzungen zwischen Kirche und Rat führte. Der Streit drehte sich vor allem um Geld und eskalierte letztendlich. Dies hatte zur Folge, dass der Rat der Stadt beschloss, die neue evangelische Religion anzunehmen.
Der Grundriss der ehemaligen Synagoge wird heute durch ein begehbares Bodenrelief aus weißem Beton nachgezeichnet. Diese als Begegnungsstätte konzipierte Skulptur wurde von dem israelischen Künstler Dani Karavan gestaltet und am 13. Juli 2005 eingeweiht.
1542 traten der Rat und die Bürgerschaft der Stadt zum evangelischen Glauben über, was für zusätzliche Konflikt mit dem katholischen Bayern und mit dem Bischof sorgte, der weiterhin in der Stadt residierte und auch große Teile der Stadt besaß.
1547 wurde hier Don Juan de Austria als unehelicher Sohn von Kaiser Karl V. und der Regensburger Gürtlertochter Barbara Blomberg geboren. 1571 beendete er mit der Seeschlacht von Lepanto die türkische Expansion
Regensburg war von Anfang an ein wichtiges Zentrum des Ostfränkischen Reichs - aus diesen Verwaltungsinstanzen entwickelte sich später der Reichstag. Hier wurden so weitreichende Entscheidungen getroffen, wie die Unabhängigkeit Österreichs, Reichsheerfahrten und die Gründung von Reichsfürstentümern.
Von 1663 bis 1806 wurde der Reichstag umgewandelt in den Immerwährenden Reichstag.
Im Immerwährenden Reichstag tagten nicht nur die Regenten des Heiligen Römischen Reiches (also die drei Reichsstände: die Kurfürsten, die Fürsten und die Reichsstädte), sondern hier kamen auch Gesandte aus ganz Europa zusammen. Sie longierten in prächtigen Bürgerhäusern, den Gesandtschaften, über zwei Jahrhunderte weg. Die ausländischen Gesandten beobachteten das politische Geschehen und benachrichtigten ihre Staaten über die neusten Entwicklungen. Noch heute kann man die Russische Gesandtschaft oder die Französische Gesandtschaft in Regensburg sehen. Eine der Haupt-Fußgängerzonen heißt nach wie vor „Gesandtenstraße“ - hier stehen besonders viele alte Gesandtschaften. Wirtschaftlich brachten die Gesandten Regensburg nicht sehr viel: Sie lebten steuerfrei in der Stadt. Sie durften zollfrei Waren einführen und ihren eigenen Handwerker und Künstler beschäftigen.
Die Fürsten von Thurn und Taxis handelten ab 1748 als kaiserliche Prinzipalkommissare und vertraten damit den Kaiser in Regensburg am Immerwährenden Reichstag. Die von Thurn und Taxis waren durch das Postwesen, welches sie in Europa sehr erfolgreich und monopolistisch aufgebaut hatten, so reich geworden, dass sie es sich leisten konnten, den Kaiser angemessen zu repräsentieren. Die Kosten, die dadurch entstanden, mussten sie aus eigener Tasche zahlen. Die Familie der von Thurn und Taxis lebt noch heute in der Stadt im Schloss St. Emmeram, welches ihnen als Domizil zur Verfügung gestellt wurde und ehemals ein im Frühmittelalter berühmtes Kloster war. Bekannteste Vertreterin der aktuellen Zeitgeschichte ist Fürstin Gloria von Thurn und Taxis.
1803 fiel eine der letzten Entscheidungen des Reichstags: Der Reichsdeputationshauptschluss führte mit zur Auflösung des Heiligen Römischen Reiches. Diese Entscheidung läutete dann auch den langsamen Abstieg der Stadt in die Bedeutungslosigkeit ein.
Die Stadt wurde ein eigenständiges Fürstentum unter Carl Theodor von Dalberg, bis sie 1809 durch Napoleon erobert wurde, der von Dalberg am 22. Mai 1810 zwang, die Stadt an das neugebildete Königreich Bayern abzutreten.
Hier wurde sie direkt der Regierung unterstellt und war somit eine Stadt, die man später als Kreisfreie Stadt bezeichnete. Gleichzeitig wurde sie Sitz eines Verwaltungsbezirks, aus dem später der Landkreis Regensburg hervorging.

Die Stadt beginnt nur langsam wieder an Bedeutung zu gewinnen und wird 1859 an das Eisenbahnnetz mit Verbindungen nach Nürnberg und München angeschlossen. Bis heute bedeutend ist die Eröffnung des Luitpoldhafens 1910 (mittlerweile als Westhafen bekannt).
Der historische Stadtkern von Regensburg ist weitestgehend erhalten und damit die größte mittelalterliche Altstadt Deutschlands. Außerdem besitzt sie die größte Anzahl an Geschlechtertürmen nördlich der Alpen, was ihr den liebvollen Beinamen "Nördlichste Stadt Italien beigetragen hat". Zur Zeit bemüht sich die Stadt Regensburg zu Recht um den Titel "Weltkulturerbe". Obwohl die Stadt im zweiten Weltkrieg unter schweren Luftangriffen zu leiden hatte, die sich jedoch hauptsächlich auf die am Stadtrand gelegenen Messerschmitt-Werke konzentrierten (siehe auch Operation Double Strike). Bei den insgesamt 20 Bombenangriffen der Royal Airforce und der 8. Amerikanischen Luftflotte (1943-1945) starben an die 3000 Menschen, darunter viele Kriegsgefangene. 1945 erfolgte eine (Teil-)Sprengung der Donaubrücken. Die Stadt selbst wurde jedoch schließlich kampflos übergeben, nicht zuletzt durch eine Demonstration der Regensburger Frauen und des Dompredigers Dr. Johann Maier am 23. April 1945, der die Übergabe forderte, damit die Stadt nicht beschädigt würde, und der deshalb am folgenden Tag wegen "Sabotage" öffentlich hingerichtet wurde.
Die Stadt begann sich nach dem Krieg langsam wieder aus ihrem Schlaf zu erholen. 1946 überschreitet die Einwohnerzahl 100.000. Wesentlich beigetragen hierzu haben der Bau des Osthafens (1960), die Ansiedlung von Siemens, die Eröffnung der Universität (Grundsteinlegung 1965), der Fachhochschule Anfang der 70er Jahre und schließlich 1978 die Eröffnung der Großschifffahrtsstraße Rhein-Main-Donau (siehe auch: Main-Donau-Kanal). 1986 nimmt das BMW-Werk bei Harting die Produktion auf. Außerdem baute Siemens (heute Infineon) in den 80er Jahren eine Fabrik zur Chipherstellung. 1992 wird das Universitätsklinikum eröffnet. Mittlerweile hat auch die Siemens VDO Automotive AG ihren Haupt-Firmensitz in Regensburg. Außerdem haben Osram, Toshiba, One Vision, Dallmeier electronic, Wilden und weitere Firmen ihren Sitz in Regensburg. Der IT-Speicher, ein IT-Gründer-Zentrum, wurde in einem alten Kornspeicher direkt an der Donau untergebracht. Die Universität hat eine Teil ihres Geländes für den Biopark Regensburg zur Verfügung gestellt. Der Biotechnologie-Park, welcher 2006 um den Biopark II erweitert wird, ist nach München der bedeutendste Standort in Bayern. Neben der Universität gibt es zwei weitere Hochschulen in Regensburg: Die Fachhochschule und die Katholische Kirchenmusik-Hochschule.
1995 werden bei Grabungen am Neupfarrplatz Reste der Synagoge wiederentdeckt. Hier richtete die Stadt ein Informationszentrum ein, das document Neupfarrplatz. Es informiert unter Tage über die wechselhafte Geschichte des Neupfarrplatzes: Jüdisches Ghetto bis 1519 mit Religionszentrum von internationaler Bedeutung, Juden-Vertreibung, Katholische Wallfahrtskirche Zur Schönen Maria, Evangelische Neupfarrkirche als Mutterkirche des österreichischen und süd-osteuropäischen Protestantismus, Bücherverbrennung während der Nazi-Herrschaft. Man kann Überreste der Synagoge besichtigen.